抗战时期，重庆成为国民政府的陪都，并形成以重庆为中心的长江、嘉陵江、綦江、乌江、涪江、渠江战时水运网。为确保军工生产的煤、铁矿等原料运输，綦江渠化工作加紧进行，从1939年至1945年，綦江及支流上共建11个船闸，是全国最早的船闸之一。为适应战时省际运输，整治嘉陵江、乌江，以确保川陕及川湘水陆联运需要。

抗战时，轮船大都不适应行驶川江，因此木船运输在抗战时起了重要作用。川江木船有14637艘，小的不足100吨，大者逾百吨。从业人员约30万人，年运量在300万吨以上。抗战期间，木船有较大发展，被誉为木船的”黄金时代”。据1943年统计，川江木船有126.66万吨，16436艘，对支前和保障后方供应，承担了重大任务。抗战8年中，重庆人口骤增，从1937年前50万人增加到140万人，1942年木船运到重庆的大米35万吨，盐15万吨，煤20万吨。仅粮食就比战前增加2倍。木船与轮船运量为3.57比1，木船占重要部分。

在轮船运输方面，民生公司的轮船从1937年的46艘增加至1938年的117艘。在宜昌大撤退中，民生公司所有轮木船全部出动，立下丰功，公司受到国民党军事委员会嘉奖。抗战时期，川江航运极盛，除民生公司外，还有招商局、三北公司、强华、合众等公司，计160艘，70401吨。1938年南岸龙门浩至龙门龙以及海棠溪至储奇门两处轮渡先后开通。

1937年9月1日起，川军分别从川北、川东开赴抗日前线。东出夔门的抗日部队，在重庆和万县等地乘轮船出川，全部依靠水上运输。这次奔赴抗日前线的川军，总计约30余万人。民生公司在支前军运中出力最大，在八年抗战中其运送出川部队和壮丁270万人，弹药武器等30万吨。同时还征调了大批木船，日夜兼程赶运。船员们战胜了日机轰炸和川江艰险，把大批军粮、器械和食盐运到前方，保证前线将士的供应，许多船只在运输中被炸沉，不少船员、船工献出了生命，可歌可泣。

1940年9月宜昌沦陷后，长江航运受阻，四川对外发展一度中断。四川是民族复兴的大后方，根据地。一方面要支援前线，接济外省；另一方面又需外省支援。当时没有出川铁路，公路也少，空运更困难。在交通十分困难的情况下，招商局与民牛公司联合成立川湘联运处及嘉陵江联运处。经营由重庆经长江、乌江至衡阳间的水陆联运，及由重庆经嘉陵江与陕西的水陆联运。1942年成立”川湘、川陕水陆联运总管理处”，直属交通部领导。

川湘联运线全长986公里，川盐运湘，湘米、铜币入川，茶叶入川后转运西北到苏联。川陕联运线水运线长1099公里，四川的丝、茶、盐、建筑器材从嘉陵江上运。西北的棉花、羊毛、汽油、皮革下运重庆，大部分通过嘉陵江，90%由木船担负。嘉陵江战时为川陕水陆联运线大动脉，年运量80至100万吨。

1943年6月19日，中国内河航运公司制造煤气浅水轮10艘，行驶于嘉陵江重庆至南充线。随后又将航线延长至广元，创嘉陵江的航运新纪录。同年6月27日，甘肃油矿局采用巨型皮筏3支，运载煤油31.5吨，由广元顺嘉陵江而下，安全抵达重庆，为嘉陵江航运开创了新的一页。

1945年8月15日抗战胜利后，战后复员运输从同年9月开始，为期15个月。据统计，此期间重庆港完成客运24.76万人，货运11.7万吨，其中轮船客运20.3万人，货运8.5万吨。