该局于1888年由台湾巡抚刘铭传在台创办。台湾商务局最初招股33万，台湾林姓绅士认招1/3，盛宣怀认招2/3，委派淮系成员杨宗翰为该局总办，并且购买两艘轮船在台湾、香港、汕头、厦门一带航行。台湾商务局开局之初保持与招商局的业务往来，同时也存在相互的竞争。1889年，台湾商务局试航宁沪线时，减价与招商局竞争，最后因资金短缺而失败。1891年，继任台湾巡抚邵友濂将台湾招商局对外出售，该局从此歇业。