抗战时期，招商局的大部分海轮及部分人员暂撤香港。1941年，香港沦陷。蔡增基卖掉四大海轮，所得款项不知所踪。蔡增基私吞公款案，引起社会轰动。1943年，招商局总经理蔡增基迁往美国不归。为了维系招商局的营业发展，国民政府令招商局在重庆恢复总局，派徐学禹为总经理，同时恢复理事会和监事会，撤销长江业务总管理处。1943年4月26日，招商局在重庆正式恢复办公。