1913年6月，招商局召开股东常年大会，改会确立了董事会会长负责制以及三科长工作职责制。董事会由议事机构正式变成权力机关，工作程序，最后由会长签字生效，加强了董事会的权力。并且在董事会下设立三科：主船、营业、会计。三科作为招商局的职能工作机关，处理日常工作事务。这两个制度基本就是招商局商办时期（1912-1927）组织管理方面的制度。