1941年12月香港沦陷，招商局总局业务被迫停顿。1943年1月11日，中国与美国、英国分别签订《中美新约》和《中英新约》，宣布废除历史上强加给中国的不平等条约，取消在华特权。中国的航权借此收回，战时继续航行于川江的英籍商轮，在新约生效之日起全部停航。此时，抗战处于相持阶段，战时的反攻军事和战后的复员建设，都缺少不了航业，招商局作为当时唯一的国营航业机构，历史最悠久、规模最大，于是交通部以军运频繁、局务不容中断为由，令徐学禹任总经理，在重庆恢复总局。1943年4月26日，招商局在重庆的五四路真原堂巷复业，长江业务管理处随之撤销。