1937年9月，抗战爆发后招商局在南京设立的机构。该机构由招商局副总经理沈仲毅任处长，代表总局指挥沿江各分局及江海各轮向长江腹地后撤，并负责办理军公运输及商货运输等事宜。1943年4月招商局在重庆恢复总局办公，长江业务总管理处才被撤销。在抗战时期，该机构为招商局组织西撤物质运输，恢复川湘航线做了巨大努力。