随着1948年底到1949年初，国民党政府在大陆的溃败。1949年4月由徐学禹率招商局81%的船舶和原有1/3的员工迁到台湾。迁台之招商局在1951年归并撤台的中国油轮有限公司，以增强实力。但是由于市场空间小、军方征用频繁等等因素，台湾招商局发展艰难。1971年中华人民共和国恢复联合国常任理事国席位后，台湾当局为了避免大陆与台湾的招商局可能发生财产矛盾，于是在1972年成立阳明海运公司。台湾招商局的船舶以出租的形式转给阳明海运公司经营。1995年台湾招商局并入阳明海运公司，自此退出历史舞台。