抗战胜利之后，国民政府回迁南京，把运输物资和人员的任务交给招商局等航运企业承办。1946年6月内战爆发，招商局又被国民政府征用船舶运送军用物资。1946年春，国民政府在上海成立港口司令部，委派副司令刘耀汉率军运管理员5人进驻招商局，并在局内成立军运小组，由专员林焕亭兼任组长。从抗战结束到1948年9月，3年间招商局共为国民政府运兵2586112人次，军需品1211585吨。