招商局商办时期发生了轰动一时的三大贪污案。分别是汉口施氏父子舞弊案、天津麦氏父子舞弊案，以及积余产业公司李国杰的舞弊案。汉口分局，长期被盛宣怀的姻亲施紫卿以及他的儿子施子英等占据，施氏利用铜圆折合银元差价从中舞弊，以及余煤损失、脚力浮报从中渔利达百万两。天津分局，1873年设立，1914年由麦佐之担任局长。麦氏前为李鸿章的私人医生，后又得袁世凯器重，在天津局任职达23年，其也是利用制钱折合银两的差价、浮报等手段贪污近一百五十多万两。另外就是积余产业公司总经理李国杰舞弊案，借贷收受中介回扣、额外巨额报销等。较为详细地记载三大案是入驻招商局的清查委员李孤帆写的《招商局三大案》，1933年由上海现代书局印行。